Фамилия Ямковый — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с характером или внешностью человека, а с местом его жительства или родом занятий. В отличие от распространённых Ямских, Ямщиковых и Ямниковых, которые прямо указывают на профессию ямщика, форма Ямковый образована иначе — через суффикс прилагательного -ов-/-ев-. Скорее всего, так называли человека, жившего при яме — то есть при почтовой станции, где меняли лошадей. В XVI–XVII веках на Руси ямом называли не просто яму в земле, а именно станцию на тракте с избой для ямщиков и конюшней. Житель такого места получал прозвище Ямковой, а его потомки закрепили фамилию в форме Ямковый.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным словом «ямка» или «ямок» в значении небольшого углубления, низины. В некоторых говорах так могли прозвать человека, жившего в низине, у оврага или на краю овражистой местности. Однако против этой гипотезы говорит суффикс: фамилии от географических объектов с суффиксом -к- (Ямка, Ямкин) обычно образуются по другой модели, а форма на -овый предполагает скорее относительное прилагательное — «относящийся к яму» или «принадлежащий яму».

Фамилия Ямковый практически не встречается в центральных областях России, где преобладают Ямские и Ямщиковы. Основной ареал — юг России, Украина и казачьи области. Это объяснимо: на южных трактах, в Диком поле и на землях Войска Донского, ямы были не казёнными станциями, а временными стоянками, и прозвища там закреплялись иначе. В реестрах запорожских казаков XVII века попадаются прозвища Ямковой, Ямковый, что подтверждает связь фамилии с вольными общинами, а не с крепостным крестьянством.

С точки зрения словообразования, это типичная «прозвищная» фамилия, застывшая в форме полного прилагательного. Такие фамилии обычно не склоняются в современном русском языке (Ямковый, Ямкового), хотя в старой традиции могли склоняться как прилагательные. Встречаются варианты написания через «а» — Ямкавый, но это уже искажение, возникшее в результате неграмотной записи в метриках XIX века.