Фамилия Юпенкова — женская форма фамилии Юпенков. Её основа — прозвище или нецерковное имя Юпенок, которое, скорее всего, образовано от слова «юпа» или «юпка». В русских говорах «юпа» — это короткая верхняя одежда, род кафтана или безрукавки, а «юпка» — просторечное название юбки. Соответственно, Юпенком могли прозвать человека, который шил такую одежду или, по другой версии, носил её характерно, как прозвище по внешнему признаку.

Суффикс -енк- в основе указывает на уменьшительную или уничижительную форму, типичную для украинских и южнорусских говоров. В фамилиях на -ов/-ев такой суффикс часто обозначал сына или потомка: Юпенков — буквально «сын Юпенка». Таким образом, первый носитель фамилии был либо сыном человека по прозвищу Юпенок, либо сам носил это прозвище, которое затем закрепилось за его детьми.

Географически фамилия редкая, её очаги тяготеют к регионам, где исторически смешивались русские и украинские говоры — например, к Курской, Белгородской областям или к бывшей Слобожанщине. В этом смысле Юпенкова стоит в одном ряду с такими же «одежными» фамилиями, как Шубников, Кафтанов, Тулупов, но с характерным южнорусским оттенком.

Словообразовательная модель проста: корень юп- (от «юпа»), суффикс -енок (уменьшительно-родовой), затем фамильный суффикс -ов. Встречаются варианты написания через «ё» — Юпёнков, но это уже результат колебания в произношении под ударением. Фамилия не дворянская, не священническая — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде ремесленников или просто людей, получивших прозвище по предмету одежды.