Фамилия Забатурин — один из вариантов более распространённой фамилии Батурин, и её происхождение напрямую связано с древнерусским прозвищем Батура. В основе этого прозвища, по наиболее вероятной версии, лежит диалектное слово «батура», которое в разных говорах означало «упрямый человек» или, наоборот, «высокий, долговязый» (как каланча). Первое письменное упоминание о человеке с таким прозвищем встречается в актах XV века: в 1498 году в Новгороде жил крестьянин Батура. Сама же фамилия Батурин входит в активный обиход с XVI столетия.

Фамилия Забатурин отличается от Батурина приставкой За-. В русской ономастике такие префиксы (За-, Па-, Су-) нередко указывали на географическое или родственное уточнение: «тот, кто живёт за Батуриным» или «потомок человека по прозвищу Забатура». Вторая версия, более правдоподобная, — что существовало самостоятельное прозвище Забатура, которое мог получить человек, отличавшийся особым упрямством или, напротив, находившийся в тени кого-то с прозвищем Батура. Таким образом, фамилия образовалась напрямую от прозвища, минуя промежуточную фамилию Батурин.

Фамилия Забатурин встречается реже, чем Батурин, и имеет более узкую географию. Основные очаги её бытования — центральные и северные регионы России, где суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от основ на -а, -я. Модель образования типична для русской фамильной системы: прозвище (Забатура) плюс притяжательный суффикс -ин, буквально означающий «чей?» — «сын Забатуры».

Точное время и место возникновения фамилии Забатурин установить сложно — процесс становления русских фамилий растянулся на несколько столетий, и многие крестьянские фамилии закрепились лишь к XVIII–XIX векам. Однако сама словообразовательная конструкция и корень указывают на древние пласты русской антропонимии, уходящие корнями в новгородские земли.