Фамилия Заболина — женская форма фамилии Заболин. Она образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Заболин — это «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу Забола. Основа фамилии — глагол «заболеть» или существительное «забола» (болезнь, хворь). В старину так могли прозвать человека хилого, болезненного или, наоборот, того, кто часто лечил, знался с хворями. В русских говорах «забола» — не просто болезнь, а затяжная, тяжёлая хворь, от которой долго не оправлялись.

Вторая, менее очевидная версия: прозвище Забола могло относиться к человеку, который «заболачивал» — то есть жил у болота, на сырой, «заболоченной» земле. В северных и центральных губерниях России слово «забола» иногда употребляли в значении «топкое место, болотина». Тогда фамилия Заболин — топонимическая, от названия урочища или деревни. Такие случаи редки, но ономасты фиксируют их для фамилий с корнем -болот- и -забол-.

Фамилия Заболин (и Заболина) не относится к числу распространённых. Встречается она в основном в центральной России и Поволжье, особенно в бывших Владимирской и Нижегородской губерниях. По данным переписей XIX века, Заболины — преимущественно крестьяне и мещане, грамотность среди них была низкой, что объясняет искажения в написании: в метрических книгах попадаются варианты «Забалин», «Зоболин», «Заболин» с одной «б». Ударение в фамилии чаще всего падает на второй слог: Забóлина.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Заболотин, Заболотский, Заболотный — показывает, что Заболин стоит особняком. В них корень -болот- прямо указывает на местность, а в Заболине корень -бол- может относиться и к болезни, и к болоту, но без типичного суффикса -от-. Это делает фамилию более редкой и неоднозначной по происхождению. Версия с болезнью кажется предпочтительнее: прозвища по физическим недостаткам или состоянию здоровья давали часто, и суффикс -ин к таким основам присоединяли охотнее, чем к топонимам.