Фамилия Заболонко звучит необычно, и её разбор — хороший пример того, как украинская модель словообразования накладывается на древнее славянское слово. В основе лежит украинское «заболонь» или «заболонка». В ботанике и плотницком деле так называют молодой, рыхлый слой древесины, который находится сразу под корой. В переносном смысле на Украине «заболонню» могли называть что-то неосновное, внешнее или, наоборот, скрытое под поверхностью.

Суффикс «-ко» типичен для украинских фамилий, образованных от прозвищ или названий профессий. Он указывает на принадлежность или характерный признак: Заболонко — это буквально «тот, кто связан с заболонью» или «сын человека по прозвищу Заболонь». Такая модель особенно распространена на Левобережной и Центральной Украине, в исторических областях Полтавщины, Черниговщины, Киевщины.

Вероятнее всего, прозвище Заболонь давали либо столяру или плотнику, который часто работал с этим мягким слоем дерева (например, делал лучину или мелкую утварь), либо человеку с бледной, «недозрелой» кожей, которую сравнивали с заболонью. Возможно ироничное прозвище — так могли назвать кого-то неопытного или незрелого, подобно тому, как заболонь — это ещё не твёрдая древесина. Встречается и фамилия Заболонный, но Заболонко — более «домашняя», патронимическая форма.

С точки зрения истории, носители фамилии Заболонко относились к казацкой старшине или крестьянству. В реестрах Войска Запорожского встречаются отдельные упоминания, но массово фамилия не распространилась, оставаясь довольно редкой. Сейчас её можно встретить в Украине и в южных областях России, куда переселялись украинцы в XVIII–XIX веках.

Спорных версий у фамилии немного. Кто-то пытается связать её с русским диалектным «заболокать» (закрывать, заволакивать), но это натяжка: слово «заболонь» имеет чёткую и прозрачную этимологию, и украинский суффикс «-ко» здесь работает без натяжек. Так что основная версия — ремесленная или описательная, от внешности или характера — остаётся единственной убедительной.