Фамилия Заболоцкая — одна из тех, что напрямую отсылает к месту, где жил предок, и в этом её главная подсказка. В основе лежит топоним Заболотье: так на Руси называли деревни и села, находившиеся за болотом или за болотистой местностью. Человек, переселившийся из такого села, получал прозвище Заболоцкий (по модели «откуда родом»), а его потомки уже носили фамилию. Суффикс -ск- указывает на географическое происхождение, типичное для дворянских и шляхетских фамилий, хотя закрепилась она и в других сословиях.

Фамилия довольно древняя. В «Ономастиконе» академика С.Б. Веселовского зафиксировано, что впервые она упоминается в начале XV века. Родоначальником одной из ветвей считается Василий Иванович Всеволод Заболоцкий (первая половина XV в.). Это показывает, что фамилия успела сложиться ещё до эпохи массового закрепощения крестьян, когда фамилии были в основном у знати и служилых людей. Позже, когда прозвища стали передаваться по наследству, её могли получить и крестьяне, переселившиеся из тех же Заболотий.

Интересно, что фамилия бытует и в мужской форме (Заболоцкий), и в женской (Заболоцкая), причём в истории она нередко встречается в дворянских родословных. Среди наиболее известных однофамильцев — Николай Алексеевич Заболоцкий (1903-1958), русский советский поэт и переводчик. Его фамилия, как и у многих других носителей, не связана с каким-то одним конкретным Заболотьем — таких сёл в России было множество, поэтому географию фамилии можно считать широкой, от северных областей до южных.