Фамилия Заболонковы образована от прозвища Заболонка. В основе лежит слово «заболонь» — молодой, ещё не окрепший слой древесины, который находится сразу под корой. В народе так называли и болезнь этого слоя: если мороз повреждал незащищённый участок ствола, на нём появлялась заболонка — рыхлая, испорченная древесина. Прозвище Заболонка могло закрепиться за человеком по двум причинам. Первая — профессиональная: так могли назвать лесничего или плотника, который хорошо разбирался в пороках дерева и отбраковывал больные стволы. Вторая — ироничная: прозвище давали человеку с заметным изъяном, например с незаживающей раной на теле или с «рыхлым», мягким характером.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Заболонк- добавили суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Заболонки). Окончание -ы в форме множественного числа (Заболонковы) подчёркивает, что речь идёт о целом роде, а не об одном человеке. Такое окончание типично для фамилий, которые в быту произносили во множественном числе: «пойдём к Заболонковым», «дом Заболонковых».

Слово «заболонь» и его производные — диалектные, они встречаются в северных и центральных говорах, особенно в лесных областях. Поэтому географически фамилия Заболонковы тяготеет к регионам с развитым лесным хозяйством: Архангельская, Вологодская, Костромская, Кировская области. В этих краях прозвища, связанные с деревом и плотницким делом, были особенно распространены.

Точное время возникновения фамилии не установлено, но по модели образования (суффикс -ов от прозвища на -ка) её можно отнести к XVI–XVII векам — периоду, когда у русских крестьян и посадских людей массово закреплялись наследственные фамилии. В отличие от дворянских родов, Заболонковы, скорее всего, происходят из среды свободных крестьян или ремесленников, работавших с лесом.

Редкость фамилии объясняется узкой диалектной основой: слово «заболонка» не вошло в общелитературный язык, и прозвище давали только в тех местах, где этот термин был в ходу. Тем не менее, фамилия сохранилась и встречается до сих пор, что делает её живым свидетельством местных говоров и народных промыслов.