Фамилия Заболонкова образована от прозвища Заболонка. В основе лежит термин из ботаники и лесного дела: заболонь — это молодой, биологически активный слой древесины, расположенный сразу под корой. У деревьев, повреждённых морозом на незащищённом участке ствола, этот слой мог заболеть, и такое повреждение называли заболонкой.

Прозвище Заболонка, скорее всего, относилось к «профессиональным» именованиям. Человек, получивший его, мог быть лесничим или лесорубом — тем, кто по роду занятий постоянно сталкивался с особенностями древесины, замечал больные деревья и умел отличать здоровую заболонь от повреждённой. В русских говорах слово «заболонка» имело и бытовое значение: так называли доску, выпиленную из краевой части бревна, то есть из той самой заболони. Следовательно, прозвище могло закрепиться и за плотником, столяром или торговцем лесом.

Суффикс -ов- в фамилии указывает на принадлежность: Заболонков — сын или потомок Заболонки. Форма Заболонкова — женский вариант той же фамилии, распространённый в северных и центральных областях России, где фамилии на -ов/-ев особенно типичны. С точки зрения словообразовательной модели, это типичная русская «патронимическая» фамилия, но с редкой и конкретной основой, уходящей в лесную терминологию, а не в личные имена.

В отличие от более распространённых фамилий от названий деревьев (Дубов, Берёзкин), Заболонкова не связана с самим растением, а с его анатомией и профессиональным взглядом на лес. Это делает фамилию редкой и узконаправленной: её носитель в прошлом почти наверняка происходил из семьи, где хорошо знали древесину — не как материал, а как живой организм.