Фамилия Заболонкин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранило почти нетронутым свой диалектный смысл. В ней отчётливо слышен корень «заболонь». В русских говорах, особенно северных и сибирских, заболонью называли не просто древесину, а конкретный слой — молодую, рыхлую часть дерева между корой и ядром. Человек, получивший прозвище Заболонка, мог быть плотником или лесорубом, работавшим с сырым, невызревшим лесом, либо же его так окрестили в насмешку за худобу, бледность или «незрелость» — по ассоциации с мягким, неокрепшим слоем дерева.

Суффикс -кин указывает на модель образования от прозвища, оканчивающегося на -а/-я: Заболонка → Заболонкин. Это типичный «сыновний» патроним, который закрепился в качестве фамилии в XVI–XVII веках. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давали по отцу, прозвищные на -ин и -кин нередко фиксировали индивидуальную черту самого первого носителя, а не его родство. Так что предок Заболонкиных, скорее всего, был не «сыном некоего Заболона», а человеком, за которым закрепилось ёмкое прозвище по внешности или занятию.

Интересно, что слово «заболонь» имеет и переносное значение — «неопытный, молодой», а в некоторых говорах даже «глуповатый». Поэтому не исключено, что прозвище дали парню, который казался старшим «сыроватым» или нерасторопным. Но в крестьянской среде такие прозвища редко несли злую насмешку — скорее, это была бытовая характеристика, беззлобная и точная.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где было развито лесное хозяйство и где говор сохранил слово «заболонь»: Вологодчина, Архангельская область, северная часть Кировской области. Встречается она редко, и в дореволюционных переписях носители чаще всего числились государственными крестьянами — не дворянами и не купцами.

Известных общественных деятелей или знаменитостей с фамилией Заболонкин история не сохранила, что только подтверждает её чисто народное, «земское» происхождение. Это фамилия-характеристика, которая в одном слове описывает и занятие, и внешность, и даже отношение окружающих — редкий пример того, как язык законсервировал деталь деревенского быта.