Фамилия Заболотько — одна из тех, что выдают географическое происхождение своего первого носителя. Её основа — слово «заболотье», то есть место за болотом. Человек, живший по ту сторону топкого, труднопроходимого места, получал прозвище Заболоть или Заболоцкий. Украинский суффикс -ко, который мы видим в окончании, в XVI–XVII веках был одной из самых распространённых моделей формирования фамилий на землях современной Украины и юга России. Он указывал на принадлежность к роду или местности, а часто и на молодость носителя: Заболотько — буквально «маленький Заболоть» или «сын Заболотя».

Интересно, что фамилия могла возникнуть и на русском Северо-Западе, в новгородских или псковских землях, где «заболотьем» называли не просто болото, а дальние, глухие деревни за лесными топями. Там прозвище Заболотько давали человеку, который пришёл из такой глухомани. Однако суффикс -ко всё же чаще встречается в украинской ономастике, поэтому основная версия — южнорусская или малороссийская.

В отличие от более распространённой фамилии Заболоцкий, которая часто принадлежала дворянам (от названий сёл Заболотье в центральной России), форма Заболотько почти всегда оставалась крестьянской или казачьей. Она не попала в родословные книги, потому что её носители не служили в московских приказах, а жили на окраинах государства — в Черниговской, Полтавской, Харьковской губерниях. В ревизских сказках XVIII–XIX веков Заболотьки встречаются среди государственных крестьян и казаков Слобожанщины.

Сравните с однокоренными Заболотный, Заболотин, Заболотьев. Первая — типично украинская, вторая — русская от прозвища Заболоть, третья — искусственная, «кабинетная» форма, которую могли приписать в семинарии. Заболотько же сохранила живую народную основу без книжных переделок. Это фамилия человека, который знал, что его предок жил «за болотом», и не пытался это скрыть за благозвучным окончанием.