Фамилия Задунаева образована от прозвища или географического названия с характерным суффиксом принадлежности -ев. Её основа — «Задунай», то есть человек, живущий «за Дунаем». Дунай — крупнейшая река в Восточной и Центральной Европе, которая в русском сознании часто граничила с «чужими» землями, особенно в южном направлении. Прозвище Задунай могли дать переселенцу, беженцу или торговцу, который прибыл из-за Дуная — с Балкан, из Молдавии или Валахии. В XVII–XVIII веках, после русско-турецких войн, на южные рубежи России нередко переходили сербы, болгары и молдаване, и их могли прозвать «задунайцами». Фамилия закрепилась в форме женского рода Задунаева, что типично для русских фамилий на -ев. Мужской вариант — Задунаев.

Словообразовательная модель проста: топонимическое или локативное прозвище плюс патронимический суффикс. Фамилия не слишком распространена — её носители встречаются в основном в южных регионах России (Краснодарский край, Ростовская область) и на Украине, что подтверждает связь с исторической миграцией. Встречается и вариант Задунаев, но форма Задунаева указывает на происхождение от отца или мужа по имени Задунай.

В ономастике нет единого мнения о том, было ли прозвище Задунай исключительно географическим. По версии, которую поддерживал В. Никонов, такие прозвища могли давать не только переселенцам, но и людям с характерной внешностью или поведением, ассоциировавшимся с «задунайскими» народами — например, смуглому человеку или тому, кто носил одежду необычного покроя. Однако основная гипотеза остаётся топонимической. Фамилия Задунаева — редкий пример, когда в основе лежит не русское село или река, а крупная европейская река, что выдаёт в предках либо человека с южных границ, либо того, кто запомнился местным как «чужак из-за Дуная».