Фамилия Заитдинов — одна из тех, что прямо указывают на имя предка. Она образована от восточного мужского имени Заитдин, которое имеет арабские корни. Это составное имя: первая часть «заит» переводится как «растущий», «превосходящий», «лучший» или «большой», а вторая — «дин» означает «религия». Вместе имя Заитдин можно истолковать как «превосходящий в вере» или «лучший в религии». Человека, носившего такое имя, в быту называли Заитдин, а его потомки, согласно русской словообразовательной модели, получили фамилию с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Заитдинов, то есть сын, внук или потомок Заитдина.

Фамилия типична для татарской и башкирской ономастики, где арабские имена с компонентом «дин» («религия») — частое явление. Сравните с однокоренными фамилиями: Гайнутдинов (от «гайн» — глаз, источник веры), Сафиуллинов (от «сафи» — чистый), Фатхутдинов (от «фатх» — победа). Все они построены по одинаковой модели: арабское имя плюс русский патронимический суффикс. Заитдинов выделяется тем, что основа «заит» встречается реже, чем, скажем, «нур» (свет) или «дин» как самостоятельная часть.

Встречается фамилия преимущественно в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, а также в соседних областях, где исторически жили тюркские народы. В дореволюционной России носители фамилии чаще всего относились к крестьянскому или мещанскому сословию, но точных данных о дворянских ветвях нет. Написание фамилии устойчивое, без вариантов: через «а» в корне и с окончанием -ов, хотя в некоторых документах советского времени можно встретить Заитдинов с двойным «н» — это ошибка переписчиков, не меняющая смысла.

Споров о происхождении фамилии почти нет: все ономасты (включая труды по татарским фамилиям) сходятся на том, что она образована от личного имени Заитдин. Единственный нюанс — в некоторых диалектах имя могло произноситься как Зайтдин, с выпадением гласного, но фамилия закрепилась в полной форме. Если искать более глубокий смысл, то имя Заитдин могло даваться мальчику в семьях, где хотели подчеркнуть его будущее превосходство в благочестии или знаниях — типичная для исламской традиции практика «говорящих» имён. Сегодня фамилия нередкая, но и не массовая: её носители живут по всей России, но наибольшая концентрация остаётся в регионах традиционного расселения татар и башкир.