Фамилия Захаркин восходит к крестильному мужскому имени Захарий, которое в переводе с древнееврейского означает «радость; память божия». Оно имеет ряд производных форм, одна из которых — Захарка — и легла в основу данной фамилии. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Захарка, со временем получил фамилию Захаркин.