Фамилия Захаркин образована от имени Захарка — обиходной формы крестильного имени Захарий. В переводе с древнееврейского Захарий означает «радость» или «память божия». Модель образования здесь простая и типичная для русских фамилий: к основе имени, в данном случае Захарк-, добавляется суффикс -ин, указывающий на принадлежность. То есть Захаркин — это «сын Захарки», «потомок того, кого звали Захарка».

Разбирая суффикс, стоит отметить, что -ин в фамилиях обычно присоединялся к основам на -а или -я. Это отличает данный тип от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от имён и прозвищ на согласный. Захаркин стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Васькин, Петькин, Мишкин, — все они указывают на прямую связь с конкретным человеком, носившим уменьшительное имя.

Само имя Захарий было распространено на Руси благодаря христианской традиции: его носил один из двенадцати малых пророков Ветхого Завета, а также отец Иоанна Крестителя — священник Захария. Однако в народной среде имя быстро обросло уменьшительными вариантами: Захар, Захарка, Захарушка. Именно форма Захарка, простая и обиходная, и закрепилась в фамилии.

Географически фамилия Захаркин встречается в центральных и южных регионах России, а также в Поволжье. Встречаются её носители и среди казачества, где фамилии, образованные от крестильных имён через уменьшительные формы, были обычным делом.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает разницу в словообразовании. Например, Захаров — самая частая фамилия от этого имени — образована от полной формы Захар. Захарьев — от церковной формы Захарий. Захарченко, Захарчук — украинские варианты с суффиксами -енко и -чук. Захаркин же стоит особняком: он выдает именно ту ветку рода, где предка в быту звали не иначе как Захарка. Это не делает фамилию редкой, но придаёт ей характерный оттенок простонародного, семейного общения.