Фамилия Захаркина образована от производной формы крестильного имени Захарий. В переводе с древнееврейского оно означает «радость» или «память Божия». В основе фамилии лежит не само полное имя, а его обиходная, разговорная форма — Захарка. Именно так в быту называли человека, носившего церковное имя Захарий, а его дети и внуки со временем закрепили за собой фамилию по отцу: «чей?» — Захаркин, а для женщин — Захаркина.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Захаркина — «дочь или жена Захарки». Эта модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Если бы в основе лежала форма Захар, фамилия звучала бы как Захаров. Таким образом, по одной только словообразовательной цепочке можно восстановить исходное прозвище или имя предка — Захарка.

Имя Захарий было широко распространено на Руси после принятия христианства, поэтому однокоренные фамилии встречаются часто: Захаров, Захарьев, Захарин, Захарченко, Захарчук. Фамилия Захаркина выделяется среди них именно уменьшительным суффиксом, который придаёт ей оттенок неофициальности, домашнего обращения. В старых документах, например в переписных книгах XVII века, можно встретить крестьян и посадских людей с именем Захарка, что говорит о простоте и демократичности исходной формы.

Встречается фамилия в разных регионах России, но чаще — в центральных и северных областях, где была сильна традиция употребления уменьшительных форм имён в качестве официальных. В некоторых говорах Захаркой могли называть не только Захария, но и человека с другим именем, если он был крещён в честь того же святого, или просто по созвучию — такое случалось редко, но не исключено.

Несмотря на кажущуюся простоту, фамилия Захаркина хранит память о конкретном человеке — Захарке, который жил несколько веков назад. Его имя, ставшее фамилией, перешло к потомкам и закрепилось в русском ономастиконе. Сегодня это одна из тех фамилий, которые без труда читаются и сразу указывают на имя предка.