Фамилия Захаря — редкий случай, где имя и суффикс поменялись местами. В русской традиции фамилии чаще всего строятся по схеме «основа + суффикс принадлежности»: Захаров — сын Захара. Здесь же мы видим обратный ход: суффикс -я превратил полное имя Захар в фамилию, которая звучит как укороченное, почти ласкательное прозвище. Такая модель нехарактерна для великорусского ареала, зато типична для юго-западных земель, особенно для украинского и белорусского ономастикона, где суффикс -я активно образовывал фамилии от имён и прозвищ (Шевченя, Коваленя, Тимошеня). Поэтому носители фамилии Захаря, скорее всего, происходят с территории современной Украины, Беларуси или южных областей России, граничащих с ними.

Основа фамилии — каноническое имя Захар, которое пришло на Русь из греческого через церковнославянский язык. Это усечённая форма древнееврейского имени Захария (Zekharyahu), что означает «Яхве вспомнил» или «память Господня». В народном обиходе полное церковное имя Захарий часто сокращали до Захар — так было проще и быстрее. Именно эта бытовая, разговорная форма и легла в основу фамилии.

С точки зрения словообразования, фамилия Захаря стоит особняком от более массовых Захаров, Захарин и Захарченко. Если Захаров — это стандартная патронимическая модель («чей?» — Захаров), то Захаря — это скорее прозвищная или идентифицирующая модель («кто?» — Захаря). В старых переписных книгах так могли записать человека, который был известен в округе как «Захаря» — возможно, младшего сына, подростка или просто человека с ярко выраженной чертой, связанной с именем. Позже эта форма закрепилась как фамилия, передаваемая по наследству, и утратила уменьшительный оттенок.

География фамилии подтверждает её южное происхождение. В дореволюционных метрических книгах Захаря чаще всего встречается в Киевской, Подольской, Волынской губерниях, а также среди казачества на Кубани. В центральных и северных губерниях России эта фамилия почти не фиксируется — там господствовала форма Захаров. Таким образом, фамилия Захаря — это не просто вариация имени, а маркер определённого региона и языковой традиции, где суффиксальное оформление фамилий было более гибким и разнообразным.