Фамилия Залко — редкий случай, когда основа неочевидна, а суффикс подсказывает географию. В отличие от типичных русских фамилий на -ов и -ин, окончание -ко характерно для украинской и белорусской традиции. Это уменьшительный суффикс, который в фамилиях часто указывает на прозвище или имя предка.

Скорее всего, в основе лежит личное имя Залка — одна из народных форм крестильного имени Захария (в быту звучало как Захар). Отсечение части имени и добавление -к- давало ласкательный вариант: Залка. Суффикс -ко закрепил это прозвище как фамилию. Таким образом, Залко — это «потомок Залки», то есть Захара. Версия правдоподобная: в восточнославянской ономастике множество фамилий образовано от уменьшительных форм канонических имён (Ивашко, Гришко, Залко).

Есть и другая, менее вероятная гипотеза: связь с польским или белорусским словом «залка» — зал, комната для собраний. Но прозвище от названия помещения встречается редко, и вряд ли оно легло в основу фамилии. Также не стоит путать Залко с еврейскими фамилиями на -ко от имени Залман — в них другой корень и другая огласовка.

Фамилия встречается в Беларуси и на западе Украины, реже — в южных областях России. Носителей мало, что делает её локальной и узнаваемой. Дворянского происхождения у фамилии нет: это крестьянская или мещанская родовая метка, которая закрепилась за семьёй в XVI–XVII веках.