Фамилия Замарацкая хранит память о прозвище дальнего предка. В её основе лежит прозвище Замара, которое имеет как минимум два объяснения.

Первая версия связывает прозвище с глаголом «замарать». В «Толковом словаре живого великорусского языка» В. И. Даль определяет его так: «марать, грязнить, пачкать». Значит, Замарой могли назвать либо человека, который постоянно пачкался из-за своей работы (например, трубочиста или маляра), либо неопрятного, неряшливого человека, не следившего за одеждой и лицом.

Вторая версия ведёт к украинскому глаголу «замарати» — «говорить несвязно, беспорядочно, бредить». Здесь прозвище могло выполнять роль охранительного оберега. Родители, боясь сглаза или болезней, нарекали ребёнка Замарой в надежде, что он вырастет здоровым и ясным умом. Такая практика была распространена в народной культуре: имя-оберег отпугивало злые силы.

Суффикс -цк- в фамилии Замарацкая указывает на её возможную географическую привязку. По одной из гипотез, предок носителей фамилии был выходцем из населённого пункта с похожим названием. На карте есть село Замараевское в Курганской области и два селения Замарайка в Липецкой и Орловской областях. Жителей таких мест могли называть «замарацкие», то есть пришедшие из Замараева или Замарайки.

Первые письменные упоминания родственных именований относятся к XVI веку. В ярославских документах записан Замараев Андрей Степанович (1568 год). Со временем потомки человека по прозвищу Замара или переселенца из Замарайки получили фамилию Замарацкая — по модели, распространённой в южнорусских и западнорусских землях, где суффикс -цк- нередко заменял более привычное -ов.