Фамилия Замарацкий хранит память о прозвище или месте, от которого её образовали. В основе лежит прозвище Замара, а суффикс -цк- указывает, что фамилия формировалась по модели, типичной для польской, украинской или белорусской знати, а также для тех, кто переселялся и получал прозвище по названию местности. В русской традиции такой суффикс часто встречается у фамилий, которые позже закрепились за духовенством.

Прозвище Замара В. И. Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» связывает с глаголом «замарать» — марать, грязнить, пачкать. Отсюда две житейские версии: либо предок занимался «грязной» работой (например, был трубочистом или золотарем), либо слыл неопрятным человеком, не следившим за одеждой.

Есть и другая, менее очевидная версия. Украинский глагол «замарати» означает не только пачкать, но и «говорить несвязно, бредить». В этом случае Замара могло быть охранительным внутрисемейным прозвищем-оберегом: родители нарекали ребёнка Замарой, чтобы отвести от него злые силы, — считалось, что имя со значением «нечто нечистое, путаное» обманет нечисть и сохранит ребёнка здоровым.

Однако суффикс -цк- заставляет внимательнее присмотреться к географическим названиям. Фамилия Замарацкий могла возникнуть как указание на выходца из села Замараевское (Курганская область) или одного из двух селений Замарайка (Липецкая и Орловская области). Переселенцам, переезжавшим в другие края, часто давали фамилию по покинутому месту — так Замара становился Замарацким, то есть «тот, кто из Замарайки».

Первые письменные свидетельства родственных именований относятся к XVI веку: в документах 1568 года из Ярославля упомянут Замараев Андрей Степанович. Это показывает, что прозвище было в ходу задолго до того, как закрепилось в форме Замарацкий.

Таким образом, фамилия могла появиться двумя разными путями: как прозвище по роду занятий или характеру и как «топонимическая» метка переселенца. Обе версии имеют право на существование, и точный ответ зависит от того, в какой местности жили конкретные Замарацкие.