Фамилия Замураев в своей основе имеет прозвище Замурай. Самое прямое объяснение этого прозвища — от глагола «замуровать». В старину это слово означало не только «заделать наглухо в каменную кладку», но и «замуровать преступника с целью лишить жизни» или «спрятать ценности в стене». Поэтому прозвище Замурай мог получить человек, который занимался поимкой беглых преступников или, наоборот, отличался жадностью и прятал всё, что плохо лежит.

Менее убедительна версия, связывающая фамилию с восточным именем Самур («тёмно-коричневый», «соболь»). Она предполагает, что Замураев — это искажённый вариант фамилии Самураев. Слабее она потому, что в русской ономастике замена начального «с» на «з» встречается редко и обычно объясняется конкретным диалектным произношением, а не простой случайностью.

Совсем фантастично выглядит гипотеза о происхождении от японского «самурай». Слово «самурай» вошло в русский язык очень поздно, в XIX–XX веках, и не могло послужить основой для фамилии, которая бытовала в крестьянской среде за сотни лет до этого. Прозвище Замурай вряд ли давали «японскому рыцарю» — скорее, его корни лежат в русской диалектной лексике.

Модель образования фамилии стандартная: к основе прозвища Замурай добавили типичный русский суффикс принадлежности -ев, означающий «сын Замурая» или «из семьи Замурая». Фамилия встречается в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской и Ростовской областях, что косвенно подтверждает её происхождение от живого русского слова, а не от экзотических заимствований.