Фамилия Запоржин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять корень, нужно отбросить суффикс -ин (указывающий на принадлежность: «сын Запоржи») и посмотреть на основу «Запорж-». Скорее всего, перед нами не исходное прозвище, а его фонетическая или диалектная форма.

Самая вероятная версия связывает фамилию со словом «запорожец» — жителем Запорожья, казаком с низовьев Днепра. В этом случае «Запоржа» — это упрощённое, народное прозвище человека, либо пришедшего с тех земель, либо внешне или по характеру напоминавшего запорожского казака (например, с длинным чубом-оселедцем или с пышными усами). Фонетический переход «ц» в «ж» в русских говорах встречается (ср. диалектное «цапля» — «жапля»), поэтому «Запорожец» → «Запоржа» → «Запоржин» — логичная цепочка. Поддерживает эту версию и география: фамилия встречается преимущественно в южных и центральных областях России, куда переселялись выходцы с Украины.

Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «запороть» (испортить, забить) или «запирать» (от «запор» — засов). Прозвище Запорожа могли дать человеку за какой-то физический недостаток или за привычку запираться, быть нелюдимым. Однако эта версия слабее, так как слово «запор» в значении «засов» дало бы фамилии типа Запоров, а не Запоржин.

С точки зрения словообразования фамилия типична для русской ономастики: прозвище на -а (Запоржа) + притяжательный суффикс -ин. Если ударение падает на второй слог (Запо́ржин), это также может указывать на вариант отчества от имени или прозвища Запор, но в таком случае форма «Запоржин» — результат аканья (произношения «о» как «а») на письме.

В исторических документах фамилия не зафиксирована широко, что говорит о её позднем оформлении или локальном бытовании. Сословная принадлежность носителей, скорее всего, была крестьянской или мещанской: казачье или однодворческое происхождение (вольные землепашцы южных губерний) — наиболее реалистичный социальный фон.