Фамилия Зарубаева — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В её основе лежит глагол «зарубать» или существительное «заруб» — это сразу отсекает большинство шаблонных версий. В отличие от частых «профессиональных» фамилий (Кузнецов, Плотников), Зарубаева могла возникнуть из прозвища, связанного с конкретным действием или особенностью характера.

Слово «заруба» в русских говорах означало зарубку, метку на дереве, а также — в переносном смысле — упрямого, «зарубчивого» человека, который стоит на своём. Прозвище Зарубай или Заруба могли дать либо леснику, делавшему затесы на деревьях, либо человеку с резким, несговорчивым нравом. В некоторых регионах «заруба» — это ещё и бранное слово, обозначающее грубияна, что тоже могло стать основой для прозвища.

Суффикс -ев указывает на патронимическую модель: Зарубаев — сын Зарубая. Форма женского рода Зарубаева появилась стандартно, как производная от мужской фамилии. Географически фамилия тяготеет к южнорусским и сибирским областям, где слово «заруба» бытовало в речи. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одного прозвища в конкретной волости.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» нет прямого упоминания Зарубаева, но модель образования через суффикс -ев от прозвищ на -а/-я — типична для XVI–XVII веков. Версия о связи с зарубкой на дереве кажется наиболее правдоподобной: она объясняет прозвище через бытовое занятие, а не через абстрактную характеристику. Альтернативное толкование — от имени Заруб, которое могло быть сокращением от крестильного имени (например, Захария) — выглядит натянутым, так как фонетически «Заруб» далеко от канонических форм.

Таким образом, носитель фамилии Зарубаев, скорее всего, потомок человека по прозвищу Заруба — либо лесника, помечавшего деревья, либо упрямца, которого «не перерубить». Фамилия сохранила редкую основу, не потерявшую связи с живым русским глаголом.