Фамилия Зелянины — одна из тех русских фамилий, в основе которой лежит не крестильное, а мирское имя. В древности на Руси было принято давать ребёнку второе, «домашнее» имя в дополнение к церковному, и часто его выбирали по внешним признакам или обстоятельствам. В данном случае таким именем стало Зеляня — ласкательная форма от прилагательного «зелёный».

Почему именно зелёный? Самая прямая версия — по цвету глаз. Зелёные глаза на Руси встречались не так часто, как карие или серые, поэтому такой признак сразу бросался в людях и закреплялся в прозвище. Впрочем, «зелёным» могли назвать и совсем молодого, незрелого человека — по аналогии с зелёным плодом. Имя Зеляня мог получить и ребёнок, родившийся весной, когда всё вокруг зеленеет, — такая традиция тоже была распространена.

Фамилия образовалась по типичной модели: к основе Зелян- добавили суффикс -ин, который указывал на принадлежность: Зелянин — это «сын Зеляни». Со временем форма закрепилась во множественном числе — Зелянины, как это часто бывает, когда говорят обо всём роде.

Исторические документы подтверждают, что корень «зелен-» активно использовался в русской антропонимии. Историк С. Б. Веселовский упоминает, например, Зеленого Ивана Андреевича (конец XVI века), помещиков Зеленых (1532 год, Торопец) и Зеленю Бирилева (конец XV века, Новгород). Фамилия Зелянины стоит в том же смысловом ряду, но с более редким суффиксом — не -ов, а -ин, что делает её менее типичной для центральных регионов и чаще встречается на севере и северо-востоке России.

Точное место возникновения фамилии Зелянины сейчас установить трудно. Процесс становления фамилий в разных слоях населения шёл с XV по XVII век, и документальные свидетельства могли не сохраниться. Однако можно с уверенностью сказать: предки современных Зеляниных, скорее всего, были людьми незнатными, свободными крестьянами или посадскими, — именно у этих сословий мирские имена держались дольше всего и давали начало фамилиям.