Фамилия Зенюковы происходит от имени или прозвища Зенюк. В основе чаще всего лежит уменьшительная форма крестильных имён Зенон и Зиновий. Зенон в переводе с греческого означает «божественный», а Зиновий — «богоугодно живущий». Такой путь — от полного церковного имени к домашней форме (Зеня, Зенюк) и затем к фамилии — один из самых распространённых в русской ономастике.

Однако есть и вторая, бытовая версия. Корень «зень» в славянских говорах означал «глаз» (отсюда «зеница» — зрачок) или «пол, низ». Поэтому прозвище Зенюк могли дать зоркому человеку либо тому, кто жил в низине. Оба значения корня реальны, но версия с именем выглядит убедительнее: фамилии от уменьшительных форм календарных имён встречаются намного чаще, чем от прозвищ по физическим особенностям.

Суффикс -ов в фамилии Зенюков указывает на принадлежность: «чей?» — Зенюков, то есть сын, потомок Зенюка. Это стандартная модель для русских фамилий, сложившаяся к XVII веку. Форма множественного числа (Зенюковы) подчёркивает, что речь идёт о роде в целом.

Точных сведений о месте и времени возникновения фамилии нет. Можно предположить, что она бытовала в центральных и северных губерниях России, где были распространены уменьшительные формы на -юк.