Фамилия Зернушкин образована от прозвища или нецерковного имени Зернушка. В основе лежит слово «зерно» в уменьшительно-ласкательной форме. Могли так назвать маленького, щуплого человека — «с зернышко», либо, наоборот, того, кто занимался зерном профессионально: крестьянина, мельника, торговца зерном.

С точки зрения словообразования это типичная «фамилия-патроним» на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Зернушкин, то есть сын Зернушки. Модель распространена в центральной и северной России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на -ов. Интересно, что суффикс -ушк- придаёт слову ярко выраженный ласкательный оттенок. В русском языке такие формы часто давали детям как внутрисемейные имена (ласкательные варианты от Зерно, Зерня, Зернёнок). Потом это прозвище закрепилось за родом.

В отличие от более распространённых «зерновых» фамилий вроде Зернов, Зерняев, Зернёнков, фамилия Зернушкин — редкая. Она не фиксируется в массовых списках московского боярства или купечества, что указывает на её позднее оформление в крестьянской или мещанской среде. Вероятнее всего, она возникла не раньше XVII–XVIII веков, когда у крестьян стали появляться постоянные фамилии, и закрепилась в каком-то одном регионе, скорее всего, в чернозёмной полосе или Поволжье — там, где хлебопашество было основным занятием.

Менее правдоподобная, но возможная версия — связь с диалектным словом «зернушка» в значении «рябая, конопатая» (от «зернистый» — в крапинку). Если у человека было лицо, усыпанное веснушками, его могли прозвать Зернушкой по внешнему сходству с зерном. Однако эта гипотеза слабее, так как в говорах такое значение почти не зафиксировано, а основная масса прозвищ от «зерна» всё-таки связана с профессией или ростом.

Социальный контекст фамилии прост: её носители — потомки земледельцев или мелких торговцев сельхозпродуктами. Дворянских родов с такой фамилией не обнаружено, в родословных книгах она не значится.