Фамилия Зернышкин — один из тех случаев, когда прозвище или, реже, мирское имя, образованное от уменьшительно-ласкательной формы, со временем закрепилось как фамилия. В её основе лежит слово «зернышко» — маленькое зерно. Такое прозвище в русской деревне могли дать по нескольким причинам, и ни одна из них не была обидной. Скорее всего, так называли человека невысокого роста, щуплого телосложения или, наоборот, очень хозяйственного, прижимистого, того, кто «собирает по зернышку». В переносном смысле «зернышком» могли назвать и младшего, любимого ребёнка в семье, подчёркивая его ценность, — «зернышко мое».

Словообразовательная модель фамилии проста и прозрачна. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Зернышкин — это буквально «сын Зернышка» или «человек из семьи Зернышкиных». В русской ономастике фамилии на -ин, как правило, образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я, и «Зернышко» прекрасно вписывается в этот ряд. Аналогично образованы фамилии Сыроежкин, Крошкин, Корешкин — все они идут от прозвищ, связанных с мелкими, дробными предметами.

Интересно, что фамилия Зернышкин встречается заметно реже, чем её «старший брат» — Зернов. Если Зернов могла быть искусственной семинарской фамилией (от латинского granum — зерно, по аналогии с «благозвучными» фамилиями в духовных училищах), то Зернышкин — фамилия чисто народная, бытовая. Она не имеет отношения к церковному календарю и не встречается в списках семинарских фамилий, что подтверждает её прозвищное происхождение.

Географически фамилия не имеет ярко выраженного «гнезда» в одном регионе. Её носители разбросаны по центральной России и Поволжью, что характерно для поздних «мелких» фамилий, возникших в среде крестьянства и мещанства после отмены крепостного права, когда фамилии массово закреплялись и фиксировались в документах. Встречается она и в форме Зёрнышкин (через ё), но в официальных записях чаще пишется через Е.

Таким образом, если вы носите фамилию Зернышкин, ваш предок, скорее всего, не имел отношения к торговле зерном или хлебопашеству в крупных масштабах. Это прозвище человека, которого в семье или в деревне выделяли по какой-то личной, бытовой черте — будь то внешность, характер или ласковое отношение к нему как к самому младшему и дорогому «зернышку».