Фамилия Зернышко — один из тех редких случаев, когда основа читается прозрачно, но её происхождение не лежит на поверхности. Вопреки первому впечатлению, это не «уменьшительное» от фамилии Зернов (которая образована от прозвища Зерно). Зернышко — это не «маленькое зерно», а самостоятельное прозвище, застывшее в исходной форме без патронимического суффикса.

Словообразовательная модель здесь — чисто украинская или южнорусская. Фамилии на -ко, -енко, -ышко в XVI–XVII веках массово фиксировались на территории Речи Посполитой и Гетманщины. Зернышко — это не отчество (не «чей-то сын»), а прозвище, данное человеку напрямую. Обычно так называли невысокого, щуплого или очень подвижного человека — «мелкого, как зёрнышко». Но есть и другая, более конкретная версия: прозвище мог получить крестьянин, который славился умением отбирать лучшие семена для посева, то есть «знаток зерна». В аграрной культуре это ценилось не меньше, чем ремесло кузнеца.

Редкость фамилии объясняется её формой. В русской традиции прозвища с уменьшительными суффиксами обычно переходили в фамилии через притяжательные суффиксы: Зернышкин, Зернышков. Форма Зернышко (как и Головко, Носенко) сохранилась там, где фамилии долго не были закреплены документально — у казаков, однодворцев, крестьян южных губерний. В метрических книгах Курской, Воронежской, Харьковской губерний XIX века эта фамилия встречается единично, что подтверждает её локальный характер.

Спорных версий немного. Иногда пытаются связать Зернышко с тюркскими корнями (от слова «зер» — золото), но это натяжка: в славянской среде прозвище очевидно и не требует заимствований. Если ваш предок носил фамилию Зернышко, он, скорее всего, происходил из малороссийских или пограничных русских земель, и в основе его прозвища лежала либо внешность, либо хозяйственная сметка.