Фамилия Зернышкова — женская форма фамилии Зернышков, и чтобы понять её историю, нужно разобраться с мужским вариантом. Сама фамилия редкая и образована по модели, которая сразу бросается в глаза: суффикс -ов- здесь присоединён не к обычному существительному «зерно», а к уменьшительно-ласкательной форме «зёрнышко». Такое слово в русских говорах могло быть не просто крошечным зерном, а прозвищем. Прозвище Зёрнышко могли дать человеку невысокого роста, щуплому, мелкому — по аналогии с песчинкой или зёрнышком. Но есть и вторая, не менее вероятная версия: прозвище могло относиться к человеку, который занимался отбором зерна, торговал им или славился своим пристрастием к чистоте и порядку в зерновых запасах. В крестьянской среде, где хлеб был основой жизни, такое прозвище не было обидным — скорее, указывало на аккуратность или профессию.

Суффикс -ышк- (в фамилии он перешёл в -ышечк- или -ышк-) характерен для северных и центральных русских говоров, где уменьшительные формы на -ышко (солнышко, зёрнышко) были особенно распространены. Это наводит на мысль, что фамилия Зернышков могла возникнуть на территории Вологодской, Архангельской или Ярославской губерний, где диалектная лексика богата такими формами. Если бы основа была просто «зерно», мы бы получили фамилию Зернов, которая встречается гораздо чаще. А вот уменьшительный суффикс — как раз та деталь, которая делает фамилию локальной и редкой.

Обратите внимание на написание: в современном русском языке слово «зёрнышко» пишется с буквой Ё, но в фамилиях дореволюционного происхождения Ё часто заменяли на Е. Поэтому Зернышков — это исторически правильная передача звука [о] под ударением. В некоторых документах фамилию могли записать как Зёрнышков, но в официальных реестрах закрепился вариант через Е, что нередко вводит в заблуждение при поиске корней.

Фамилия недворянская, не аристократическая — она из крестьянской или мещанской среды. Суффикс -ов- указывает на принадлежность: «сын Зёрнышка». То есть предок носителя фамилии — человек по прозвищу Зёрнышко. Никаких иноязычных или церковных корней здесь нет, это чисто русская, бытовая модель. Сравните с однокоренными фамилиями: Зернов (от «зерно»), Зернин (от «зерня» — мелкое зерно), Зернюков (от украинского «зернюк»). Зернышков стоит особняком — именно из-за ласкательного суффикса, который придаёт фамилии не столько уменьшительность, сколько оттенок прозвища, данного с долей иронии или нежности.

Если коротко: Зернышкова — это «дочь/жена того, кого звали Зёрнышком». Скорее всего, предок был человеком невысоким и сухощавым, либо же имел отношение к зерну — как крестьянин, мельник или торговец. Фамилия редкая, и её носители, вероятно, сосредоточены в северных областях России.