Фамилия Жалнинова — женская форма, а её мужской вариант — Жалнинов. Она образована по самой распространённой в русском языке модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: Жалнин → сын Жалнина → Жалнинов. Но исходная основа здесь не очевидна, и разбор фамилии упирается в одно слово — «жалний».

В русских говорах слово «жалний» (или «жальный») имело два основных значения. Первое — «жалостливый», «сострадательный», то есть человек, который легко жалеет других или сам часто жалуется. Второе — «досадный», «обидный», и в этом смысле прозвище Жалня могли дать человеку, с которым постоянно случались неприятности или который сам доставлял хлопоты. Оба варианта правдоподобны: прозвища по характеру или по поведению — один из древнейших пластов русских фамилий.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «жалник» — так в некоторых областях называли могилу, кладбище, а также скупого, жадного человека (от «жалеть» в смысле «скупиться»). Если прозвище Жалня произошло от «жалник», то предок мог быть либо могильщиком, либо, что чаще, человеком, получившим такое прозвище за скупость.

Встречаемость фамилии Жалнинова невысока. Основной ареал — центральные и северные регионы России, где слово «жалний» фиксируется в диалектных словарях. Встречаются однокоренные фамилии: Жалнин, Жалнов, Жалников. Суффикс -ин в фамилии Жалнин (от которого идёт Жалнинов) указывает на то, что в основе лежало слово женского рода или прозвище на -а/-я: Жалня. То есть первый носитель фамилии Жалнинов — это, скорее всего, сын человека по прозвищу Жалня.

Таким образом, фамилия Жалнинова — типичный пример русского отпрозвищного образования. Её носительницы — потомки человека, которого в старину называли Жалней за его характер, привычку жалеть или, наоборот, за склонность к жалобам.