Фамилия Жальнин — редкий пример, где на слух угадывается связь с эмоцией («жаль»), но на деле корень почти наверняка хозяйственный, а не чувствительный. В основе лежит слово «жальня» — так в псковских и тверских говорах называли кузницу (от «жати», то есть сжимать, ковать). Соответственно, Жальнин — потомок кузнеца или владельца кузницы. Модель образования простая: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть «сын Жальни» или «работник с жальни».

Версия с прозвищем Жальня от глагола «жалеть» маловероятна: для обозначения жалостливого человека в русском языке были формы Жалейка, Жалеющий, а «жальня» — сугубо производственное слово. Ономастический словарь Б. Унбегауна подобных фамилий не выделяет в отдельную группу, но модель с -ня в основе (как Плотня, Ковальня) типична для ремесленных прозвищ Северо-Запада России.

Географически фамилия тяготеет к Псковской области и югу Новгородчины. Встречается редко: по открытым данным переписей, Жальнины — в основном жители небольших сёл и деревень, что подтверждает связь с локальным диалектным словом, не ушедшим далеко от места своего бытования.

Написание фамилии устойчивое, без вариантов (Жальнов встречается, но это отдельный род от имени Жаль). Ударение, судя по говорам, падает на первый слог: Жа́льнин.