Фамилия Жалнин образована от древнерусского прозвища Жал (или Жаль). В основе лежат слова «жаль», «жальба» — то есть горе, печаль, сетование. Прозвище могли дать по-разному: либо человеку, который постоянно жаловался на судьбу и любил, чтобы его жалели, либо, напротив, тому, кого действительно постигло несчастье. В любом случае прозвище точно отражало характер или обстоятельства жизни первого носителя.

Модель образования проста и типична для русских фамилий XVI–XVII веков: к основе «Жал-» добавили патронимический суффикс «-ин», который указывает на принадлежность к роду. Жалнин буквально означает «сын Жала» или «из семьи Жала». Такие фамилии на «-ин» чаще всего встречались в северных и центральных областях России, особенно в новгородских и вятских землях.

Интересно, что корень «жал-» встречается и в других русских фамилиях — Жалев, Жалин, Жалкин. Но Жалнин стоит особняком: суффикс «-ин» здесь прикреплён напрямую к основе, без промежуточного суффикса «-к-» или «-ев-», что делает форму более архаичной. Это может указывать на более раннее возникновение прозвища — возможно, ещё в допетровскую эпоху.

Точное место и время первого упоминания фамилии Жалнин установить сложно: архивные данные по этой фамилии редки и разрозненны. Однако по косвенным признакам — типу суффикса и семантике прозвища — можно предположить, что фамилия сложилась не позднее XVII века в среде крестьян или посадских людей. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не значится, так что предки Жалниных, скорее всего, были людьми простого сословия.