Фамилия Жанакпаев происходит из казахской среды и образована по традиционной русской модели с суффиксом -ев. В русском языке так оформляли многие тюркские фамилии: к основе прибавляли патронимический суффикс, указывающий на принадлежность отцу. Корень здесь — имя Жанакпай, которое и становится главным ключом к происхождению.

Имя Жанакпай составное. Первая часть — «жана» (в казахском и других тюркских языках означает «новый», «обновлённый»). Вторая — «акпай» или «акпа», что восходит к слову «ак» (белый, чистый, благородный) и аффиксу принадлежности. В целом имя можно истолковать как «новый благородный» или «обновлённый светлый». Такие имена давали с пожеланием счастливой судьбы, обновления рода или в честь какого-то события. Встречаются варианты написания — Жанакбаев, где основа та же, но произношение слегка сдвинуто.

Географически фамилия чаще всего фиксируется в Казахстане, особенно в южных и западных областях, а также среди казахов, переселившихся в Россию (Оренбуржье, Астраханская область). Встречаемость невысокая, что говорит о том, что фамилия возникла от конкретного имени, не превратившегося в массовое родовое прозвание. В дореволюционных документах её почти нет — казахские фамилии в современной форме начали массово закрепляться лишь в советское время при паспортизации. Тогда же окончательно закрепилось написание через -ев, хотя по казахским нормам возможен был бы вариант Жанакпайұлы (буквально «сын Жанакпая»).

Фамилия Жанакпаев — не дворянская и не сословная, а чисто патронимическая. Носитель фамилии, скорее всего, потомок человека по имени Жанакпай, жившего в XIX — начале XX века. Никаких спорных версий здесь нет: основа прозрачна, суффикс стандартен, а имя хорошо объясняется из казахского языка.