Фамилия Жанакаев — одна из тех, чей корень ведёт в тюркский мир, а точнее — на Кавказ, в среду народов, говорящих на языках тюркской группы. Основа фамилии — мужское имя Жанакай. Это составное имя, где первая часть «жан» (в тюркских языках — душа, человек, любимый) соединяется с уменьшительно-ласкательным суффиксом «-кай». В казахском, карачаево-балкарском, ногайском и кумыкском языках такой формант не редкость: он придаёт имени оттенок близости, нежности или указывает на младшего в роду. Таким образом, Жанакай — примерно «душенька» или «любимый человек», а не просто «душа».

Фамилия образована по русской модели: к основе Жанакай добавили типичный для многих народов России фамильный суффикс -ев. В среде, где русское делопроизводство и православие не были обязательны, фамилии часто записывали на слух, и вариант «Жанакаев» закрепился в документах. По той же схеме возникли Жанкаев, Жанатов, Жанаев — все они однокоренные, но различаются суффиксами и степенью редукции корня.

Географически фамилия Жанакаев тяготеет к Северному Кавказу: она встречается у карачаевцев, балкарцев, кумыков, реже — у казахов. В карачаево-балкарском именослове есть и мужское имя Жанакай, и фамилии от него — Жанакаевы, Жанкаевы. Если предки были из горных аулов, то, скорее всего, они принадлежали к свободным общинникам или узденям — сословию, которое занимало промежуточное положение между князьями и крестьянами, но не было крепостным. В степных же районах, у ногайцев или казахов, фамилия могла указывать на принадлежность к определённому роду (ру, тайпа).

Словообразовательная модель проста: тюркское личное имя + русский суффикс принадлежности. Никаких сложных чередований или спорных этимологий здесь нет. Спор мог бы возникнуть, если бы кто-то пытался связать «жан» с персидским «джан» (душа) — но это одно и то же заимствование, пришедшее в тюркские языки из персидского. Так что корень прозрачный, без экзотики.

Единственная особенность, отличающая фамилию от десятка похожих, — сохранение начального «ж» в русской записи. В некоторых говорах (например, у кумыков) этот звук мог переходить в «з» или «дж», но в фамилии закрепился вариант, близкий к литературному произношению.