Фамилия Жеганов в большинстве случаев — фонетический вариант более распространённой фамилии Жиганов. Переход «и» в «е» под ударением (Жи́ган → Же́ганов) — явление, характерное для некоторых южнорусских и белорусских говоров. Поэтому, чтобы понять значение фамилии Жеганов, нужно разобрать её исходную форму.

Основа фамилии — прозвище Жиган. В старину у этого слова было два основных значения. Первое, самое раннее: жиган — рабочий-углежог, тот, кто выжигал древесный уголь. Профессия была тяжёлой, но жизненно необходимой: без угля не работали кузницы. Второе значение, переносное: жиганом называли бойкого, задиристого человека, зачинщика игр и проказ. Глагол «поджигать» здесь понимался не в криминальном смысле, а в значении «заводить, побуждать, подстрекать».

Оба значения могли стать источником прозвища. Но у слова «жиган» есть и третий, более поздний оттенок — так на воровском жаргоне XIX века называли опытного, бывалого преступника. Однако для фамилии, сформировавшейся в XV–XVII веках, эта версия маловероятна: фамилии крестьян и посадских людей обычно закреплялись задолго до появления арго.

В исторических источниках прозвище фиксируется рано. С. Б. Веселовский в своём ономастиконе упоминает новгородского крестьянина Жигана (1545 год). Это доказывает, что прозвище бытовало в среде свободного сельского населения, а не в уголовной среде. Скорее всего, предок носителя фамилии Жеганов был либо углежогом, либо, что не менее вероятно, человеком с живым, «зажигательным» характером.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: сын Жигана — Жиганов, а со временем, из-за особенностей произношения, — Жеганов.