Фамилия Жеганенко — редкий случай в украинской ономастике, где за привычным суффиксом -енко скрывается неочевидная основа. В отличие от большинства фамилий на -енко, образованных от крестильных имён (Иваненко, Петренко) или названий профессий (Коваленко), Жеганенко восходит к прозвищу, которое могло иметь два разных источника.

Первый и наиболее вероятный корень — диалектный глагол «жегати», что в юго-западных говорах означает «жечь», «палить», «обжигать». Прозвище Жегань могли дать человеку с резким, «обжигающим» характером, либо тому, кто работал у горна — кузнецу, стеклодуву или обжигальщику керамики. Учитывая, что фамилии на -енко в массе своей закрепились в XVI–XVII веках в Поднепровье и на Левобережье, носитель прозвища Жегань скорее всего жил в чернозёмной полосе, где гончарный промысел был особенно развит.

Вторая версия, менее распространённая, но лингвистически допустимая — связь с польским «żegać» (благословлять, осенять крестом) или его производными. В этом случае прозвище могло принадлежать человеку набожному или связанному с церковью. Однако эта гипотеза слабее: в украинском антропонимиконе такие корни встречаются редко, а фамилии с явной церковной семантикой обычно образовывались иначе — через суффиксы -ский/-цький.

Фамилия Жеганенко не встречается в списках казацкой старшины или шляхты, что указывает на её крестьянское или мещанское происхождение. Географически она тяготеет к центральной Украине — единичные носители зафиксированы в Черкасской и Киевской областях, а также в Краснодарском крае, куда потомки переселились в конце XIX века. В России фамилия встречается редко, чаще всего в варианте Жеганенков — адаптация под русскую модель с суффиксом -ов.

Словообразовательная модель проста: прозвище Жегань + патронимический суффикс -енко, буквально «сын Жеганя». Ударение в фамилии — на второй слог, Жегане́нко, что характерно для украинских фамилий с этим суффиксом.