Фамилия Жеганин образована по простой и распространённой модели: основа плюс суффикс -ин. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «Жеганин» значит «сын Жегана» или «человек из семьи Жегана». Основа здесь — прозвище или некалендарное имя Жеган.

Корень слова — «жег-», от глагола «жечь». Прозвище Жеган могли дать человеку по разным причинам. Самая прямая версия — по роду занятий: тот, кто работает с огнём, например, кузнец, плавильщик, истопник или смолокур. В говорах слово «жеган» имело и переносное значение — бойкий, отчаянный человек, «прожжённый» жизнью. В некоторых регионах «жеганом» называли того, кто торопливо или небрежно делает дело (от «жечь» в смысле «спешить, гнать работу»).

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным «жегало» (жало, остриё) или «жеганка» (крапива). В этом случае прозвище могло относиться к колкому, язвительному человеку. Однако для фамилии, скорее всего, первично именно трудовое или характерологическое прозвище.

Фамилия Жеганин — редкая. Она не встречается в боярских или дворянских родословных, не фиксируется в массовых переписях XVII–XVIII веков. Это указывает на позднее оформление фамилии, вероятно, в среде крестьян или мещан. Географически её можно встретить в центральных и северных областях России, где были развиты кузнечное дело и смолокурение. Встречаются однокоренные фамилии: Жеганов, Жегалкин, Жегалов — они все восходят к тому же корню, но различаются суффиксами, что говорит о независимом образовании в разных семьях.

Таким образом, предок носителя фамилии Жеганин, скорее всего, был человеком, связанным с огнём или получившим яркое прозвище за горячий нрав.