Фамилия Жеганюк — украинская по происхождению, что выдают суффикс -юк и типичная для западных регионов модель образования. Суффикс -ук/-юк в украинской ономастике означает «потомок» или «принадлежащий к роду»: Жеганюк — буквально «сын Жегана» или «человек из семьи Жегана». Основа фамилии — прозвище Жеган.

Корень жег- восходит к глаголу «жечь». В украинских говорах слово «жеган» могло означать человека, который жжет что-либо: углежога, кузнеца, обжигальщика керамики или даже поджигателя. Возможна и вторая, менее распространенная версия: в польском языке «żegan» — вариант имени «Żegota», сокращенного от «Żegosław» (имя славянского происхождения, где «żec» — жечь, а «sław» — слава). Но для украинской фамилии более вероятно бытовое прозвище по занятию или по характеру (человек «жгучий», вспыльчивый, горячий).

Географически фамилия Жеганюк встречается преимущественно на западе Украины, особенно в Волынской, Ровенской и Тернопольской областях. В России и Беларуси она редка. Интересно, что в польских метриках XIX века встречается написание «Żeganiuk» — с мягким знаком, что указывает на адаптацию к польской графике на территориях, входивших в состав Речи Посполитой.

Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или мещанам. В ревизских сказках и исповедных ведомостях XIX века по Волынской губернии фамилия Жеганюк фиксируется у православных и греко-католиков, что подтверждает её местное, а не пришлое происхождение. Однокоренные фамилии — Жеган, Жеганов, Жеганский, Жегалевич — встречаются реже и, как правило, имеют польскую или белорусскую огласовку.