Фамилия Жеганина образована от мирского имени или прозвища Жеганя. В основе, скорее всего, лежит существительное «жега» — брань, наказание. Называя ребёнка Жеганей, родители использовали имя-оберег: они хотели, чтобы он вырос уживчивым и добродушным, то есть давали ему имя с противоположным значением, чтобы злые силы не тронули такого человека.

Но у слова «жега» есть и другое значение — жжение, жар. Поэтому не исключено, что прозвище Жеганя связано с глаголом «жечь» (палить, предавать огню). В этом случае имя указывало либо на род занятий — например, на угольщика или кузнеца, работающего у горна, — либо на характер человека. Жеганей могли прозвать резвого, непоседливого ребёнка, который «горит» на месте.

Фамилия образована с помощью типичного для русской ономастики суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Жеганин, то есть сын или потомок Жегани. Форма Жеганина — женский вариант фамилии, который закрепился в документах.

Географически фамилия редкая. Встречается в основном на Урале и в Сибири, что косвенно подтверждает версию о прозвище по ремеслу: именно в этих регионах в XVII–XVIII веках активно развивалось железоделательное производство и углежжение.