Фамилия Желуницина — женская форма фамилии Желуницин. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Желуница. Слово «желуница» в старых русских говорах могло означать «желудок» (в переносном, прозвищном смысле — обжора или человек с большим животом), либо «желудь» (мелкий, крепкий человек). Второй вариант встречается реже, но он правдоподобнее: в ономастике известны случаи, когда прозвища от названий плодов и растений давали людям невысокого роста, коренастым или смуглым, по аналогии с желудём.

Суффикс -ицин (в мужском варианте -ицын) — редкая словообразовательная модель. Обычно фамилии на -ин образуются от основ на -а/-я (Желуница → Желуницын). Однако в живой речи суффикс мог меняться под влиянием местного произношения или при переписи: «Желуницын» со временем превратился в «Желуницин». Встречаются обе формы: Желуницын и Желуницин, причём вторая — более поздняя, возникшая из-за аканья (безударное «ы» звучало как «и»). Географически фамилия привязана к центральным и северным губерниям России, где были распространены прозвища на -ица.

Родственных фамилий несколько: Желудков (от «желудок»), Желудев (от «жёлудь»), Желунов (от «желун» — обжора). Желуницина стоит особняком: её основа — не прямое название органа или плода, а уменьшительное прозвище, что говорит о более личном, бытовом происхождении. Скорее всего, предок носителя фамилии был либо невысоким коренастым человеком, либо получил прозвище по какой-то конкретной черте, связанной с желудём — например, за любовь к желудёвому кофе или за то, что держал свиней (которых кормили желудями). Сословных ограничений нет: такая фамилия могла появиться и у крестьянина, и у мещанина.