Фамилия Желунина образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или имени с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей?» — «сын Желуни»). Основа здесь — слово «желудь», но не в прямом, ботаническом смысле. В русских говорах «желудем» называли не только плод дуба, но и человека — обычно невысокого, крепкого или, напротив, с крупной, как бы раздутой фигурой. В диалектах встречается и глагол «желуниться» — дуться, сердиться, надувать губы. Так что прозвище Желуня могло достаться либо человеку с характерной внешностью (коренастый, плотный), либо сварливому, вечно недовольному.

Мужской вариант фамилии — Желунин, женский — Желунина. Такая форма типична для центральных и северных областей России, где «ин» вытеснил «ов» в фамилиях от основ на -а, -я. Если бы фамилия закрепилась на юге или западе, она могла бы звучать как Желуденко или Желудкевич, но в великорусской традиции прижился именно суффикс принадлежности.

Интересно, что фамилия Желунина не связана с внутренним органом — желудком. Это народная этимология, которая возникает у носителей фамилии, но лингвистически она ошибочна: слово «желудок» имеет другую древнюю основу (от «желудь» оно не произошло), и прозвищ от названий внутренних органов в русской традиции почти не давали — это табуированная зона. Куда вероятнее, что предок носителя фамилии получил своё прозвище за сходство с жёлудем: маленький, круглый, сбитый.

Сословно фамилия не элитарна. Желунины, скорее всего, крестьянский или мещанский род. В писцовых книгах и ревизских сказках такие прозвища встречаются в среде черносошных крестьян и посадских людей, реже — у служилых по прибору. Встретить Желуниных в боярских списках или дворянских родословных — большая редкость, хотя единичные случаи возможны, если прозвище со временем перешло в фамилию через помещичье землевладение.

Сегодня фамилия встречается нечасто, но стабильно — в основном в Поволжье, на Урале и в Сибири, куда переселенцы из центральных губерний увозили свои родовые прозвища. В Москве и Петербурге единичные носители, что подтверждает её «глубинное» происхождение.