Фамилия Жмуденко — украинская по своей модели образования, что сразу видно по суффиксу -енко. В украинской ономастике этот суффикс — один из самых распространённых: он указывал на «малого», «потомка» или «сына» человека, чьё имя или прозвище легло в основу. То есть Жмуденко — буквально «сын Жмуды».

Основа фамилии — прозвище Жмуда. Оно восходит к слову «жмудь» — древнему славянскому названию балтийского племени жемайтов (или жмудинов), жившего на территории современной Литвы. Предки жемайтов, по археологическим данным, в V веке населяли бассейн реки Швентойи, а позже продвинулись на запад, до Жемайтской возвышенности в верховьях рек Дубиса и Юра. С XIII века жемайты отстаивали независимость в борьбе с Тевтонским орденом, а в 1422 году окончательно вошли в состав Великого княжества Литовского. Интересно, что жемайты оставались последним европейским народом, принявшим христианство (это произошло лишь в XV веке).

Самый прямой путь появления такой фамилии — указание на национальность или этническую принадлежность предка. Человек, которого прозвали Жмудой, мог быть выходцем из жемайтских земель или иметь оттуда корни. Однако не исключён и второй вариант: прозвище могли дать за внешнее сходство или манеру поведения, напоминавшую жемайтов. В украинской и польской среде такое прозвище могло закрепиться за человеком, который говорил с характерным акцентом, носил одежду, отличную от местной, или даже просто был упрямым — жемайты имели репутацию стойких и независимых.

Фамилия Жмуденко — редкий пример, когда украинский патроним образован от балтийского этнонима. Это говорит о тесных контактах украинских и литовских земель в прошлом, особенно в период Великого княжества Литовского, когда границы между культурами были подвижны.