Фамилия Жогинов образована от прозвища или нецерковного имени Жоган. В основе лежит глагол «жечь» в его старом звучании — «жог» (сравните: «жёг», но в диалектах и в прошлом — «жог»). Суффикс -ин указывает на принадлежность: Жогин — «сын Жоги», а Жогинов — вторичная форма, которая могла возникнуть при адаптации фамилии в официальных документах или при переходе из одной модели в другую. Фактически, Жогинов — это более редкий вариант фамилии Жогин, получивший дополнительный суффикс -ов по аналогии с массой русских фамилий.

Прозвище Жоган давали человеку с горячим, вспыльчивым нравом — того, кто «жжёт» окружающих своим характером. Но возможен и другой смысл: в некоторых говорах «жогом» называли человека, который занимался выжиганием угля или выжигал лес под пашню. Учитывая, что такие занятия были распространены в лесных районах севера и центра России, вторая версия не менее правдоподобна. В словаре В. И. Даля «жог» — это и «пал, подсека, огневая расчистка леса», и «тот, кто жжёт уголь».

Географически фамилия Жогинов тяготеет к Поволжью и северо-восточным областям. По данным современных телефонных справочников, наибольшая плотность носителей — в Кировской области, Удмуртии и Пермском крае. Это косвенно подтверждает связь с промыслом: именно в этих регионах было развито углежжение и подсечное земледелие.

В отличие от более распространённой фамилии Жогин, форма Жогинов встречается заметно реже. Это могло произойти из-за того, что в ряде мест при переписях или в церковных книгах писцам было привычнее добавлять -ов к любой основе, даже если в живой речи бытовала форма на -ин. Так один и тот же род мог получить разные фамилии в документах.

Сравнение с фамилиями Жегалов, Жеглов, Жоголев показывает, что все они восходят к одному корню, но разными суффиксами. Жогинов стоит особняком: он сохранил древнюю форму корня без чередования (жог- вместо жёг-), что характерно для северных и северо-восточных говоров, где цоканье и оканье сильнее влияли на письменную фиксацию.