Фамилия Жупиев — одна из тех, где ясна основа, но неочевидно её исходное значение. Она образована по стандартной модели русских фамилий: к основе «Жуп-» добавлен суффикс принадлежности -ев, указывающий на «сына» или «потомка» человека, которого звали Жупий. Ударение, скорее всего, падает на первый слог: Жу́пиев.

Корень «жуп-» в русском языке нечастый. Самое прямое объяснение — связь с диалектным словом «жупа». В южнорусских и украинских говорах так называли яму, овраг, углубление, а иногда и землянку или бедное жильё. Тогда прозвище Жупий мог получить человек, живший в низине, в овраге, или тот, кто обитал в тесной, убогой лачуге. Это бытовая, «топографическая» версия, и она наиболее правдоподобна.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими языками. В некоторых из них есть корни со значением «собирать», «копить», или же слово «жуп» как вариант «джуп» — «пара», «чета». Однако для фамилии Жупиев такая этимология спорна: на территориях исторического расселения русских (где фамилия и должна была закрепиться) тюркское влияние редко давало фамилии с типично русским суффиксом -ев без промежуточного прозвища.

Географически фамилия встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, а также на Украине, что подтверждает её связь с местными говорами. Суффикс -ев указывает на то, что фамилия сложилась в среде, где говорили по-русски или по-украински, и относится к числу «патронимических» — то есть произошла от личного прозвища отца. Сословной привязки нет: Жупиевы могли быть и крестьянами, и мещанами — фамилия не несёт в себе указания на аристократическое происхождение.