Фамилия Жужукин — один из тех случаев, когда основа говорит сама за себя, но не сразу. В её основе лежит звукоподражательное «жу-жу» — глагол «жужжать». Прозвище Жужука могли дать человеку по двум сценариям: либо он был говорлив, неугомонен, постоянно «жужжал» над ухом, либо, что реже, по роду занятий — например, пасечнику, который постоянно находился рядом с жужжащими пчёлами.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Вместо привычного суффикса -ов/-ев или -ин мы видим редкий суффикс -ук(ин), который характерен для украинской и южнорусской традиции. Сначала появилось прозвище Жужука (или Жужук), а уже от него через притяжательный суффикс -ин образовалась фамилия, отвечающая на вопрос «чей?»: сын Жужуки — Жужукин. Такая двойная суффиксация (сначала -ук, потом -ин) встречается нечасто и указывает на то, что корни фамилии, скорее всего, уходят в украинские или пограничные с Украиной губернии.

В словарях русских фамилий Жужукин не числится среди древних дворянских родов — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая из уличного прозвища. Интересно, что в некоторых говорах «жужукой» могли называть не только человека, но и насекомое (шмеля или овода), что добавляет прозвищу ещё один оттенок — возможно, предок получил его за назойливость или за внешнее сходство с кем-то мохнатым и круглым.

Встречается фамилия сегодня в основном в центральных и южных областях России, а также на востоке Украины. Вариант написания с двумя «ж» устойчив: ударение падает на второй слог — Жужу́кин. Родственные фамилии (Жужуев, Жужулин) встречаются реже, и все они образованы от того же звукового корня.