Фамилия Жужукина звучит необычно, почти как звукоподражание, и это наводит на верный след. Её основа — прозвище или нецерковное имя Жужука, которое, скорее всего, возникло из глагола «жужжать». В русских говорах так могли назвать человека, который постоянно что-то бормочет, говорит невнятно или монотонно, либо, наоборот, того, кто не замолкает, «жужжит» над ухом. Прозвища по манере речи — распространённое явление: в той же логике появились фамилии Бубенцов, Воркотунов, Шептунов. Жужука — уменьшительно-ласкательная форма, характерная для народной ономастики.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Жужукина — это «дочь (или жена) Жужуки». По модели образования фамилия типична для северных и центральных регионов России, где -ин был основным патронимическим суффиксом для основ на -а. Мужская форма — Жужукин. Написание с двойным «ж» может сбивать с толку, но оно закономерно: корень «жуж-» и суффикс «-ук-» дают на стыке удвоение, которое сохранилось в письменном виде не у всех фамилий этого ряда (сравните: Жуков — от «жук», но здесь иная модель).

Менее вероятная, но допустимая версия связывает Жужуку с украинским или южнорусским диалектным словом «жужка» — так называли крупную муху или овода. В этом случае прозвище мог получить назойливый или суетливый человек. Однако первая версия — по речевой характеристике — кажется более убедительной, поскольку для прозвищ, образованных от звукоподражательных глаголов, характерна именно такая словообразовательная цепочка: жужжать → Жужука → Жужукин.

Сословная принадлежность носителей фамилии, скорее всего, была крестьянской или мещанской. Фамилии с суффиксом -ин от прозвищ на -а редко встречались в дворянской среде, где преобладали формы на -ов/-ев и -ский. Поиск по ранним документам показывает, что Жужукины встречаются в основном в Поволжье и центральных губерниях, но массового распространения фамилия не получила — она осталась редкой, что только усиливает её связь с конкретным прозвищем конкретного человека, а не с массовым переименованием.