Фамилия Зиненкова — женская форма фамилии Зиненков, и её разбор стоит начать с мужского варианта. В основе фамилии лежит имя Зина, которое в русской традиции чаще всего является сокращением от Зиновий (греческое «Зенон», означающее «божественный»). Однако есть и другая версия: Зина могло быть уменьшительной формой от женского имени Зинаида, хотя в таком случае фамилия Зиненков образовалась бы от отчества или прозвища матери, что для русских фамилий редкость. Правдоподобнее считать, что основой стало мужское имя Зиновий, а суффикс -енк- (украинского или южнорусского происхождения) указывает на «маленького», «сына» или «потомка»: Зиненков буквально значит «сын Зины» или «потомок Зиновия».

Суффикс -енк- типичен для украинских и южнорусских фамилий, что даёт ключ к географии: Зиненковы чаще всего встречаются в областях, граничащих с Украиной — в Курской, Белгородской, Воронежской, а также в самой Украине. В северных и центральных регионах России фамилия редка; там предпочтительнее форма Зиновьев (от полного имени Зиновий). Таким образом, Зиненков — не столичная, а крестьянская фамилия, возникшая в среде, где именные прозвища и отчества с уменьшительными суффиксами были нормой.

В написании фамилии стоит обратить внимание на букву «е» в корне: Зиненков, а не Зининков или Зиненков. Ошибки возникают из-за того, что суффикс -енк- иногда путают с -инк- (как в фамилии Зинин), но здесь именно «е», что подтверждается словообразованием: от Зина через Зиненко (украинская форма) к русскому Зиненков. В дореволюционных метриках можно встретить двоякое написание — Зиненков и Зиненковъ, но смысл один.

С точки зрения социального контекста, фамилия не дворянская: в списках служилых людей или боярских родов Зиненковы не значатся. Скорее всего, предки были крестьянами или однодворцами — то есть свободными земледельцами южных окраин России, которые несли сторожевую службу. Фамилия могла закрепиться в XVII–XVIII веках, когда на южных рубежах активно шло заселение и оформление фамилий по отчеству.

Если сравнивать с однокоренными, то Зиненков стоит в одном ряду с Зиновьевым (более «официальная» форма) и Зиненко (украинский вариант без русификации). Разница в суффиксе показывает, где именно предки получили фамилию: если Зиненко — на Украине, то Зиненков — уже после перехода в русскую среду, с добавлением типично русского -ов.