Фамилия Зинюкова — женская форма фамилии Зинюков, и её происхождение стоит рассматривать через мужской вариант. Основа здесь — прозвище или имя Зиня, которое в русской народной традиции было уменьшительной формой от целого ряда крестильных имён: Зиновий, Зосима, а также от редкого имени Зинон. Сокращение имени до двух слогов — обычный для русских говоров приём: Зиновий легко превращался в Зиню, Зину, Зиньку.

Суффикс -юк в фамилии Зинюков указывает на западнорусское или украинское происхождение. В отличие от центральнорусских фамилий на -ов/-ев, модели на -юк (Зинюк, Зинюков) характерны для территорий, где смешивались русские и украинские говоры — Брянщина, Смоленщина, Курская область. Если бы фамилия возникла в северных или центральных регионах, она звучала бы как Зиновьев (от полной формы имени) или Зинкин (от Зинька). Формант -юк в русской среде — признак того, что предок носителя жил на юго-западе или в зоне контакта двух языков.

Само прозвище Зиня могло закрепиться за человеком не только по имени. В диалектах слово «зиня» иногда использовали для обозначения вялого, медлительного человека или того, кто постоянно зевает (от глагола «зинуть» — раскрыть рот). Но первая версия — от крестильного имени — правдоподобнее, потому что фамилии от сокращённых имён встречаются в разы чаще, чем от прозвищ по характеру.

В написании фамилии Зинюкова нет вариативности: ударение падает на второй слог (Зиню́кова), и в документах она фиксируется именно так. Редкость фамилии объясняется узкой географией бытования и тем, что имя Зиновий в XX веке почти вышло из употребления, а вместе с ним ушла и живая связь с уменьшительной формой.