Фамилия Златоверховников — один из тех редких случаев, когда в основе лежит не имя, не профессия и не место, а целая метафора. Она образована от прозвища Златоверховник, которое, в свою очередь, происходит от словосочетания «златой верх» — золотая вершина или золотой купол. Так могли назвать человека по двум совершенно разным причинам.

Первая версия, самая прямая, связана с храмовой архитектурой. «Златоверхими» на Руси называли церкви с золочёными куполами — обычно это были соборы в крупных городах или монастырях. Прозвище Златоверховник мог получить священник, дьякон или даже звонарь, служивший при такой церкви. В этом случае фамилия становится своеобразным маркером места службы или проживания: человек, живший у «златоверхого» храма.

Вторая, более редкая версия — топографическая. «Златоверховником» могли прозвать владельца или жителя дома с необычной крышей, покрытой чем-то блестящим, или даже человека, жившего на вершине холма, которую в народе называли «золотой» из-за цвета глины или травы. Но здесь стоит отметить, что в письменных источниках (например, в «Ономастиконе» Веселовского или словаре Унбегауна) фамилия не встречается в перечне распространённых — это штучная, единичная форма.

Суффикс -ник- в основе Златоверховник указывает на лицо по признаку: как «садовник» от «сад» или «охотник» от «охота». А затем к этому прозвищу добавили стандартный патронимический суффикс -ов, превратив его в фамилию сына Златоверховника. Фамилия почти наверняка семинарская или искусственная: в XIX веке такие длинные, «говорящие» фамилии часто давали воспитанникам духовных училищ за благозвучие и книжность. Сравните с однокоренными: Златоверхов, Златоверхий, Златоверховский — все они из той же среды. Носитель фамилии Златоверховников, скорее всего, потомок человека из духовного сословия, чьё прозвище отсылало к золотому куполу церкви.