Фамилия Зубачек звучит скорее по-чешски или по-польски, чем по-русски, и это первое, что бросается в глаза. В славянских языках суффикс -ек (или -чек) — типичный уменьшительный, причем часто с ласкательным оттенком. Если в русском языке мы скорее ожидали бы Зубков или Зубарев, то Зубачек выдает западнославянское влияние: в польском, чешском, словацком такое окончание — обычное дело. Поэтому логичнее всего считать, что основа фамилии — слово «зуб», а суффикс «-ек» превращает его в «зубок» или «зубастик».

Вероятнее всего, прозвище Зубачек дали человеку с какими-то приметными зубами: большими, редкими, кривыми, а может, и с отсутствием части зубов — в народе такие прозвища давали без злого умысла, просто по внешнему признаку. Не исключен и переносный смысл: «зубастый» человек — острый на язык, язвительный, неуступчивый. В русских говорах «зубач» — это ещё и задира, спорщик.

Фамилия могла возникнуть на территории современной Чехии, Словакии, Польши, а также в западнорусских землях, где было сильное польское влияние (Белоруссия, Украина). В России Зубачеки встречаются редко, и это почти всегда следствие миграции или переселения. Поскольку суффикс не типичен для русской фамильной модели (где чаще -ов, -ин, -ский), носитель фамилии с большой вероятностью имеет предков из числа западных славян.

Словообразовательная модель проста: корень зуб- плюс суффикс -ач-, дающий значение «тот, кто обладает чем-то» (ср. «богач» — обладатель богатства, «силач» — обладатель силы), и вторичный уменьшительный суффикс -ек. То есть Зубачек — это буквально «маленький зубач» или «зубастик». Такая двойная суффиксация (сначала -ач, потом -ек) характерна для прозвищ, которые передавались детям как ласковые или уменьшительные формы.

Сравните с однокоренными фамилиями: Зубарев (русская, от «зубарь» — человек с большими зубами или мастер по зубам), Зубов (патронимическая, от нецерковного имени Зуб), Зубатый (прямое прозвище). Зубачек стоит особняком — он указывает не на профессию и не на отчество, а на чисто внешнюю или характерную черту, смягченную уменьшительным суффиксом. Это делает фамилию скорее «домашней», чем официальной, и, возможно, в прошлом она бытовала в форме Зубач, а уже потом, при передаче по наследству, превратилась в Зубачек.