Фамилия Зубачёва — женская форма, а мужской вариант — Зубачёв. В основе лежит прозвище Зубач. Такие прозвища на Руси давали не столько за внешность (например, за крупные или редкие зубы), сколько за характер: «зубастым» называли острого на язык, язвительного или неуживчивого человека, который мог «показать зубы» и постоять за себя.

Словообразовательная модель здесь прозрачная: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?» — Зубачёв, то есть сын Зубача). Это типичная патронимическая фамилия, которая закрепилась в XVI–XVII веках, когда прозвища окончательно перешли в наследственные фамилии.

В исторических источниках встречаются близкие по корню имена и прозвища. С. Б. Веселовский в своём ономастиконе упоминает Михаила Ивановича Зуба Константинова (вторая половина XV века) и крестьянина Зубаку Фёдора Микулина (1564 год, Олонец). Форма «Зубака» — более редкая, но с тем же корнем: суффикс -ак- (-ач-) образовывал прозвища по характерному признаку. Фамилия Зубачёва могла появиться и в южнорусских регионах, где суффикс -ач при прозвищах был особенно распространён, а позже перешёл в -ёв.

Интересно, что в отличие от фамилий Зубов (от имени-оберега Зуб) или Зубарев (от названия рыбы «зубарь»), Зубачёв прямо указывает на человеческое качество, а не на предмет или животное. Это делает фамилию психологической по своему происхождению: предок носителя явно обладал ярким, «кусачим» нравом.