Фамилия Зубаченко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко. Этот суффикс, по сути, означает «маленький» или «сын» (ср. с современным украинским «енко» — дитя). Поэтому Зубаченко — это буквально «сын Зубача» или «маленький Зубач». Сама основа «Зубач» — это прозвище, которое давали человеку с заметными, крупными, редкими или, наоборот, частыми зубами. В украинской традиции прозвища по физическим признакам были очень распространены: Носань, Губарь, Лобань, и Зубач стоит в том же ряду.

Важно не путать эту фамилию с русскими фамилиями на -ов/-ев от слова «зуб» (Зубов, Зубков). Модель на -енко — южнорусская и украинская. Она стала массово закрепляться как фамилия в XVII–XVIII веках на территории Гетманщины, Слобожанщины и Запорожья. Человек по прозвищу Зубач или Зубань мог быть казаком, крестьянином или мещанином, и его дети уже записывались как Зубаченки.

Встречается и менее очевидная версия: прозвище «Зубач» могло относиться не к зубам, а к орудию труда. В некоторых говорах «зубач» — это род граблей или бороны с крупными зубьями, а также человек, который работает таким инструментом. Однако эта версия уступает по правдоподобию первой: прозвища по внешности давались чаще, чем по инструменту, особенно когда речь идёт о такой заметной черте, как зубы.

Географически фамилия Зубаченко рассеяна по всей Украине, но чаще встречается в центральных и северных областях (Черкасская, Полтавская, Киевская), а также на Кубани, куда переселялись запорожские казаки. В России фамилия редка и почти всегда указывает на украинские корни предка.

Фамилия не является дворянской, хотя отдельные представители могли попадать в казачью старшину. Основной массив носителей — потомки крестьян и казаков, получивших фамилию по прозвищу родоначальника. В написании встречался вариант Зубаченко (с ударением на второй слог, что свойственно южнорусским говорам), но современная литературная норма фиксирует ударение на «е» — Зубаче́нко.